国家知识产权局在专利合作条约（PCT）国际申请程序中，可以作为受理局、国际检索单位和国际初步审查单位，具体职能及选择条件依申请情况而定。
作为受理局，国家知识产权局依规定检查和处理国际申请，包括审查国际申请日、形式要求和优先权要求，检查费用并向国际局传送有关文件。
作为国际检索单位，国家知识产权局对申请进行国际检索并出具检索报告或依法声明不出具报告。适用的申请可以选择国家知识产权局作为主管国际检索单位；在中欧 PCT 国际检索试点项目中，符合项目条件的中国申请人也可选择欧洲专利局。该试点已延长至 2031 年 11 月 30 日，具体条件以主管机关公告为准。
国际初步审查并非自动进行，申请人可按规定提出请求。国家知识产权局作为国际初步审查单位时，就有关发明的新颖性、创造性和工业实用性提供非约束性意见。国际阶段及进入各国或地区阶段的程序与期限，应按适用规则和最新官方指引办理。
